Alla fine dell’ultima glaciazione, verso il X-IX millennio a.C., l’aumento generale delle temperature determinò in tutta l’Africa centro-settentrionale periodi di grande umidità. L’indebolimento del fronte polare nord rispetto a quello sud provocò il rimontare del monsone carico di pioggia che diede origine alla fase subpluviale neolitica, detta del "Sahara verde". La rete idrografica del Sahara conobbe così un intenso vigore. A sud dei grandi massicci del Tibesti, dei Tassili e dell’Hoggar, così come nella parte meridionale della Mauritania, tutte le regioni, oggi coperte da depositi sabbiosi, erano occupate da vasti laghi alimentati da fiumi potenti, che si diramavano in tutte le direzioni. Il clima umido determinò in montagna una vegetazione di querce, noci, tigli, ontani, mentre alle basse altitudini prosperavano il pino, il ginepro, il lentisco e l’olivo, tutte piante mediterranee. La vasta savana della pianura era formata da graminacee a rapido sviluppo e ospitava una fauna ricca e varia: gazzelle, elefanti, antilopi, diversi tipi di bovini e, nei laghi e nei fiumi, ippopotami, coccodrilli e diverse varietà di pesci. Verso il IV millennio a.C., il periodo umido del Sahara cominciò a esaurirsi e, man mano che le regioni circostanti si inaridivano, le popolazioni dovettero spostarsi  nella piana alluvionale del Nilo, dove si affermò stabilmente la prima grande cultura, detta Naqada.